东巴教祭祀仪式有上百多种，是纳西族先民对其信仰对象的崇拜形式。对天界诸神、祖先、自然神灵、鬼魂的祭祀及人生礼仪是东巴教祭祀活动的基本内容，反映着纳西人对自然现象、生命现象的认识以及传统的灵魂观念，以及追求人与自然、人与社会的和谐为最终目的。东巴教祭祀仪式因自古融入纳西族民俗活动与日常生产生活而生生不息。

       祭天

        祭天纳西语叫“美崩”。“美”为天，“崩”就是祭祀。纳西族以“天的子民”自称，“纳西美比迪”（意为纳西族以祭天为大），祭天为纳西族全民性的祭祀活动，成为与其他民族区别的标志。祭天场上设置象征天父地母和舅父的神坛，供献祭品。祭仪由东巴祭司主持，感恩和缅怀祖先开天辟地的丰功伟绩，汇报继承弘扬祖先坚韧不拔的创业精神、善良品质的成果和永远铭记藏、纳、白和周边民族皆亲兄弟的古训情况，祈求祖先庇佑，人与自然和谐，子孙兴旺发达。

       祭自然神仪式

          据东巴经《休曲署埃》记载，人类和自然本是同父异母的亲兄弟。长大后分家，人类居住的村庄及田地归人类所有，除此以外的山川、河流以及一切野生动植物归自然所有，起初兄弟俩相安无事。后来人类不断繁衍，不断破坏自然、污染环境侵夺资源，逼得自然兄长施放各种自然灾害进行惩戒，使人类几乎无立足之地。人类无奈求助东巴什罗，派护法神鸟“修曲”强行干预调解，人类承诺敬畏自然兄长，遵守自然法则，并通过祭自然神仪式感恩自然，对有意无意破坏自然的行为向自然神忏悔，用蜂蜜、酥油、牛奶和水果等供品为自然疗伤偿还欠债，祈求自然宽恕；自然兄长也承诺允许人类合理适当利用自然资源，兄弟俩重归于好。此后，祭自然神成为纳西族非常重要的祭祀仪式。纳西族“人与自然和谐相处”的朴素理念深入人心，敬畏自然、遵守自然法则，祈求自然神庇佑风调雨顺成为日常行为规范，与其他一些民族战胜自然、征服自然的观念截然不同。

        祭生命神仪式

         纳西族家庭有一个供奉生命神的素（生命神）笼，生命神掌管家庭和睦兴旺和家庭成员健康平安。纳西族婚礼上，通过东巴主持仪式，把新娘的生命神从女方家集体生命神中分出加入到男方家庭集体生命神中合为一体，即两个家庭生命神的结合，并把一对新人的灵魂拴在一起，再也不能分离。因此，纳西族没有离婚一说。这种婚俗为纳西族社会的长期稳定奠定了基础，使广大家庭能同心协力地开展长远生产建设，普遍注重起房盖屋，注重对子女的文化教育。

        延寿仪式

         东巴教大规模的综合性仪式，东巴教中组织东把法师为年长的东巴大师或乡里德高望重的长者举行，东巴们祈求神灵护佑尊师或长者吉祥长寿，使东巴大师无边法力传诸徒弟，长者高尚品德传诸后生。由于延寿仪式综合了绝大部分东巴祭祀仪式，规模恢弘、程序冗长繁复，且耗资较大，只有生活较为富裕的人家才能够做如此规模宏大的仪式，故历史上并不常举行。

       祭三多神仪式

         三多神是纳西民族保护神，他是古代纳西王国保境安民的一位战将，每当外敌入侵，阿普三多都率军应战，百战百胜，保护了纳西族地区的安宁，去世后化为玉龙雪山上的一块白石，成为玉龙山神。每年农历二月八日，是纳西族的法定民族节日三多节，民间都要举行祭三多活动。供奉阿普（爷爷）三多的北岳庙，在滇西北的历史上颇有名气，藏、白等周边民族的信徒，也纷纷到阿普三多圣像前祈求保佑，据说十分灵验。2021年5月24日，纳西族三多节经国务院批准列入第五批国家级非物质文化遗产代表性项目名录。